Johann Widihofer wurde 1961 in Heilbrunn in der Steiermark geboren.
Den ersten Hornunterricht bekam er in der Musikschule Weiz bei Hubert Bratl. Ab 1978 studierte der Musiker an der Universität für Musik und darstellende Kunst in Graz bei Prof. Fritz Mischlinger und Prof. Robert Freund. Nach der staatlichen Lehrbefähigungsprüfung im Jahr 1983 und nach der Diplomprüfung 1984 folgte ein Repertoirestudium bei Prof. Günter Högner und ein Meisterkurs bei Prof. Peter Damm. 1986 Sponsion zum Magister.
Von 1987 bis 1991 spielte der Hornist im Grazer Philharmonischen Orchester an der Grazer Oper. Er ist weiters Mitglied verschiedener Kammermusikformationen wie dem Brass Quintet Graz und den Austrian Horns.
An der Musikschule der Stadt Frohnleiten ist er seit 1985 Lehrer für Horn.
Seit 1991 ist der Musiker im ORF Radio-Symphonieorchester Wien engagiert und spielt zweites bzw. viertes Horn.