Johannes Kubitschek wurde 1979 in Innsbruck geboren.
Seit seinem sechsten Lebensjahr spielt er Cello und bekam u.a. Unterricht von Klaus Haselwanter und Michael Tomasi. 1996 begann sein Studium an der Universität Mozarteum Salzburg bei Clemens Hagen und Heidi Litschauer. 2004 absolvierte er die Diplomprüfung mit Auszeichnung. Im Anschluss absolvierte Johannes Kubitschek einen postgradualen Lehrgang an der Universität Graz bei Tobias Stosiek.
In den Meisterkursen mit Thomas und Patrick Demenga, Antonio Meneses und Wenn-Sinn Yang konnte er seinen Erfahrungshorizont erweitern.
Der Musiker tritt gerne in kleinen Formationen auf und hat bereits bei einigen europäischen und amerikanischen Ensembles mitgewirkt, wie etwa dem Wiener Jeunesse Orchester und dem European Union Youth Orchestra. Er war Substitut im Tiroler Symphonieorchester und im Mozarteum Orchester Salzburg und Aushilfe in der Camerata Salzburg. Johannes Kubitschek ist seit 2003 Mitglied im Mirabellquartett Salzburg und spielt seit 2010 im Trio Frizzante.
Der Musiker ist mehrfacher Preisträger bei „Jugend musiziert“ und „prima la musica“. 1999 und 2008 erhielt er jeweils den 3. Preis beim internationalen Cellowettbewerb in Liezen.
Seit 2008 ist der Musiker als Cellist im ORF Radio-Symphonieorchester Wien engagiert.