Johannes Pflegerl wurde 1976 in Kärnten geboren.
Nach ersten Studien an der Universität Mozarteum Salzburg wechselte er an die Universität für Musik und darstellende Kunst Wien. Er studierte auch an der Guildhall School of Music and Drama in London.
Seit 2006 spielt Johannes Pflegerl im ORF Radio-Symphonieorchester Wien.